東涌互通立交至海鷗島互通立交段，即6．652公里大沙水道橋，按次計費，每標準車為19元；

海鷗島互通立交至沙田互通立交段，即6．234公里坭洲水道橋，按次計費，每標準車為25元。

通行本項目全程，標準小客車通行費為44元，其中，貨車實行完全計重收費。